玻爾模型中仍然使用了經典的電子軌道概念，這使得它在處理微觀電子行為時遇到了許多問題。根據經典電動力學，加速運動的電子會發射電磁波，從而導致能量損失。然而，在玻爾模型中，處于定態的電子卻不會發出電磁輻射，這一矛盾無法得到解釋。玻爾模型對電子躍遷過程的描述也顯得模糊不清，這進一步削弱了其在物理學界的地位。包括盧瑟福、薛定諤在內的多位著名物理學家都對玻爾模型提出了質疑。玻爾的導師約瑟夫·湯姆生也拒絕對此發表任何評論，而薛定諤更是直接評價說這是“糟透的躍遷”。不僅如此，玻爾模型在解釋氫原子光譜強度和精細結構方面表現不佳，更復雜的氦原子光譜以及其它原子的光譜也無法得到合理解釋。正因為如此，玻爾在1922年獲得諾貝爾物理學獎時指出，玻爾理論還只是一個初步的理論，許多基本問題仍然需要解決。盡管玻爾模型存在諸多問題，但它引入了量子化的概念，標志著“半經典半量子”的理論模型。徹底解決原子光譜的問題，需要拋棄傳統的經典軌道觀念，轉而采用量子力學的方法。盡管玻爾模型遇到了許多挑戰，但它展示了量子假說的活力，并為經典物理學向量子物理學的過渡鋪平了道路。