菏澤牡丹的品種共有1200多種。牡丹的分類方式多樣，其中之一是根據開花時間來分類，分為早花品種、中花品種和晚花品種。早花品種通常在4月15日左右開放，而晚花品種則在4月26日左右開放。這些品種依次開放，使得菏澤牡丹的整體花期持續大約25天。另一種分類方式是根據花型，菏澤牡丹的花型包括單瓣型、荷花型、菊花型、薔薇型、金蕊型、托桂型、金環型、皇冠型、繡球型、荷花臺閣型、菊花臺閣型和薔薇臺閣型，共計12種。此外，菏澤牡丹的花色也十分豐富多彩，按照顏色分類，有白色、粉色、紅色、黃色、紫色、黑色、蘭色、綠色和復色等九大色系。
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