亞特蘭大俱樂部成立于1907年，由一群瑞士移民創立，最初被稱為“亞特蘭大貝加莫體操及田徑運動會社”。直到1914年，該俱樂部才得到意大利足球總會的官方認可。1924年，亞特蘭大與“貝加莫體操及箭藝會”合并，形成了“亞特蘭大&貝爾加馬斯卡體操擊劍俱樂部”。1928年，俱樂部遷移至現今的會址。球隊在1929年首次參加意大利足球聯賽。直到1937年，亞特蘭大才首次晉升意甲，但隨即降級。1940年，球隊再次挑戰意甲，并保持頂級聯賽的席位直到1958年。1963年，亞特蘭大隊以3-1戰勝都靈隊，贏得了首個意大利杯冠軍。進入70年代后，亞特蘭大隊經歷了在甲乙級聯賽間波動的時期。盡管如此，他們在這個時期仍培養出如菲利普·因扎吉和維埃里等杰出球員。1999-2000賽季，亞特蘭大隊在瓦瓦索里的帶領下，贏得了重返意甲的資格。亞特蘭大隊在意甲的最佳成績是1948年的第五名，而他們唯一的獎杯是在1963年獲得的意大利杯。在歐洲賽場上，他們的最佳表現是進入1988年歐洲冠軍杯的四強和1991年歐洲聯盟杯的八強。該俱樂部培養了許多著名球員，如多納多尼、塔奇納迪、莫菲奧、帕齊尼、蒙托利沃、佩利佐利和達拉博納等。曾效力于亞特蘭大的知名球員包括卡尼吉亞、斯特羅姆博格、艾林美奧、蒙特羅、維埃里、因扎吉、倫蒂尼、盧卡雷利和多尼等。在2009/10賽季，亞特蘭大隊的開局不利，遭遇四連敗。2009年9月22日，俱樂部解雇了格雷古奇教練，由安東尼奧·孔蒂接替。在2010-2011賽季，亞特蘭大仍在意乙聯賽中掙扎，并因操縱比賽結果而受到處罰。2012/13賽季，亞特蘭大隊在意甲聯賽中獲得第15名。