種蛋在入孵前除了要認真挑選，去除破損、軟殼和畸形蛋外，還必須進行嚴格的消毒。以下是幾種推薦的消毒方法：1. 浸泡法： - 高錳酸鉀浸泡法：先用溫水（20～25℃）將蛋殼洗凈，接著在45℃的0.1%高錳酸鉀溶液中浸泡3～5分鐘，之后取出用消毒紗布擦干。 - 漂白粉浸泡法：將洗凈的種蛋浸泡在1%漂白粉溶液（1千克漂白粉配制100千克水）中5分鐘，撈出后擦干。2. 噴霧法： 種蛋洗凈后，使用0.1%的新潔爾滅溶液進行噴灑消毒。3. 紫外線照射法： 將洗凈的種蛋整齊放置，用紫外燈（紫外燈與蛋的距離不超過50cm）直接照射1分鐘，之后翻面再照射1分鐘。操作時需保護眼睛，避免直接看紫外燈。4. 綜合法： 先將洗凈的種蛋在20℃的0.1%新潔爾滅溶液中浸泡5～10分鐘，再放入密閉容器中用甲醛熏蒸30分鐘（每立方米容器加入甲醛30毫升，高錳酸鉀15克，水15毫升）。種蛋入孵后，預溫至37.8℃時取出，放入0.2%紅霉素中浸泡5～10分鐘，擦干后繼續孵化。孵化前，孵化箱（室）也需徹底消毒。先用0.1%新潔爾滅液或0.2%～0.5%過氧乙酸溶液清洗干凈，然后在封閉條件下用甲醛熏蒸5～10小時（每立方米體積加入甲醛30毫升，高錳酸鉀15克，水15毫升）。