商業房40年產權到期后，處理方式主要有以下幾種：1. 續期：如果國家沒有拆遷計劃，土地使用者可以申請續期。這通常涉及補交土地出讓金，即按照當時土地價格的一定比例（如1%-10%）支付費用。獲得批準后，需重新簽訂土地有償使用合同，房產所有權便得以延續。2. 拆遷安置：如果國家有拆遷計劃，則無償征用土地，并對地上建筑物做價補償。此時，業主可以根據相關拆遷管理辦法獲得相應的賠償。3. 轉讓：土地使用者也可以選擇將土地連同地上建筑物一并轉讓。在轉讓過程中，受讓人需要重新與國土資源局簽訂土地出讓合同，并支付土地出讓金。4. 保留使用：如果土地使用者選擇不續期，也可以保留土地上的建筑物的使用權。雖然土地使用權已經到期，但建筑物仍然受到法律保護，其他人不得隨意拆除或破壞。然而，若未申請續期或申請未獲批準，土地使用權由國家無償收回，房屋所有權也隨之消失。總之，商業房40年產權到期后，處理方式需根據具體情況和法律規定來決定。建議土地使用者提前了解相關法律法規，以便在產權到期時做出合理的決策。