農村自建房加層是否屬于違建，需視具體情況而定。如果業主未向政府相關部門進行申請報批，或經審批政府不同意加層，而擅自加層，則屬于違章建筑，不受法律保護。違法建設的認定標準是判斷是否經過了土地管理部門的批準，以及“規劃”是否合法，二者缺一不可。根據《中華人民共和國城鄉規劃法》的相關規定，未經批準進行建設的行為，包括未經批準進行臨時建設，未按照批準內容進行臨時建設，以及臨時建筑物或構筑物超過批準期限不拆除的，都將由所在地城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門責令限期拆除，并可能面臨罰款。如果城鄉規劃主管部門作出責令停止建設或者限期拆除的決定后，當事人不停止建設或者逾期不拆除，建設工程所在地縣級以上地方人民政府可以責成有關部門采取查封施工現場、強制拆除等措施。因此，農村自建房加層前，應確保地基能承受新增樓層的重量，并先向當地城鄉規劃主管部門申請辦理建設工程規劃許可證，獲得相關規劃部門的批準，按照批準的內容進行建設，這樣才能確保加層行為的合法性。