簡單重復(fù)序列（Simple Sequence Repeat，SSR）是一種微衛(wèi)星DNA，其核心序列由1至6個堿基組成，其中最常見的是雙核苷酸重復(fù)，如(CA)n和(TG)n。SSR具有高度多態(tài)性，主要來源于串聯(lián)重復(fù)單位數(shù)目的不同。通過設(shè)計微衛(wèi)星序列兩端的互補序列引物，利用PCR擴增技術(shù)擴增微衛(wèi)星片段，再通過凝膠電泳分離PCR產(chǎn)物，根據(jù)片段大小確定基因型并計算等位基因頻率。在真核生物中，存在許多2-5個堿基的簡單重復(fù)序列，稱為“微衛(wèi)星DNA”。這些序列兩端的序列高度保守，可設(shè)計雙引物進行PCR擴增，揭示其多態(tài)性。SSR具有以下優(yōu)點：檢測到的是單一的多等位基因位點；微衛(wèi)星呈共顯性遺傳，可鑒別雜合子和純合子；所需DNA量少。在采用SSR技術(shù)分析微衛(wèi)星DNA多態(tài)性時，必須知道重復(fù)序列兩端的DNA序列信息。如不能直接從DNA數(shù)據(jù)庫查尋，則需對其進行測序。根據(jù)SSR核心序列排列方式的不同，可分為三種類型：完全型（核心序列不間斷重復(fù)）、不完全型（在核心序列之間有3個以下的非重復(fù)堿基，但兩端連續(xù)重復(fù)核心序列重復(fù)數(shù)大于3）和復(fù)合型（兩個或兩個以上串聯(lián)核心序列由3個或3個以上連續(xù)非重復(fù)堿基分隔開，連續(xù)核心序列重復(fù)數(shù)不少于5）。完全型是SSR標記中應(yīng)用較多的一種類型。SSR廣泛分布于各種真核生物的基因組中，大約每隔10～50kb就存在一個SSR。在植物中，平均每23.3kb有一個SSR；雙子葉植物中的SSR數(shù)量大于單子葉植物，前者兩個SSR之間的平均間距為21.2kb，后者為64.6kb；核DNA中的SSR數(shù)量多于細胞質(zhì)DNA中的SSR，絕大多數(shù)單堿基重復(fù)型及2堿基重復(fù)型SSR存在于非編碼區(qū)，3堿基重復(fù)型多位于編碼區(qū)。微衛(wèi)星的利用價值在于其核心序列重復(fù)數(shù)不同，等位SSR位點可呈現(xiàn)出多態(tài)性（SSLP，簡單序列長度多態(tài)性）。大多表現(xiàn)為共顯性遺傳，有的表現(xiàn)為顯性遺傳。由于SSR DNA兩側(cè)序列（離開20bp以上）表現(xiàn)出保守特征，所以可設(shè)計出上下游PCR引物，擴增出包含SSR的DNA序列。微衛(wèi)星分析常用于：遺傳圖譜構(gòu)建；種質(zhì)鑒定；遺傳多樣性分析；標記輔助選擇；基因定位；數(shù)量性狀基因座分析；系譜分析；親源關(guān)系鑒定等。SSR引物的來源包括：借鑒其他近緣種序列；通過篩選文庫、測序開發(fā)自己的SSR引物；通過核酸數(shù)據(jù)庫查詢，從已有序列中搜尋包括SSR的序列并設(shè)計引物。SSR分析實驗的主要技術(shù)環(huán)節(jié)包括：提取DNA；PCR擴增；電泳及顯色；電泳膠板帶型的照相、記錄；數(shù)據(jù)分析處理。PCR產(chǎn)物分離的電泳方法主要有：高濃度瓊脂糖電泳；變性聚丙烯酰胺序列膠電泳；非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。由于擴增的片段短，基因間的差異小，通常使用分辨率高的聚丙烯酰胺凝膠電泳。考慮到在非變性膠上會出現(xiàn)人為假象，如導(dǎo)致SSR雜合子中出現(xiàn)3-4條帶，而不是正常的2條帶，從而干擾等位位點統(tǒng)計，建議在SSR分析中均采用變性膠電泳。