兩次退回補充偵查后，應予啟動不起訴程序。在審查起訴過程中，若需進一步調查取證，檢察機關可向原公安機關退回并進行補充偵查，但補充偵查最多只能進行兩次，且每個階段均不得超過一個月。二次補充偵查后，如果仍缺少足夠充分的證據，檢察官將對其不予提起公訴。《刑事訴訟法》第一百七十五條補充偵查人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料；認為可能存在本法第五十六條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。