根據《煙草專賣許可證管理辦法》，第四十五條規定，如果在一年內被煙草專賣行政主管部門或其他執法機關處罰兩次以上的，發證機關有權責令持證人暫停煙草專賣業務，進行整頓，直至取消其從事煙草專賣業務的資格。具體而言，該規定中的“因違法生產經營煙草專賣品一年內被煙草專賣行政主管部門或者其他執法機關處罰兩次以上”是指在一年內，持證人如果被查到兩次違法經營煙草專賣品，煙草機關就有權對其進行處罰。因此，如果在一年內被查到兩次違法經營煙草專賣品，即使數量不多，煙草機關也可以依據該規定收回煙草證，進行整頓。然而，在實際操作中，持證人如果只是在一年內被查到兩次違法經營，且違法數量較少，是否應當直接收回煙草證，還需要具體分析持證人的具體情況以及違規情節的嚴重程度。例如，如果兩次違法經營的總數量很少，可能只是幾包煙草，那么煙草機關是否會直接收回煙草證，可能需要根據具體情況而定。因此，對于煙草證是否被收回的問題，不能一概而論，需要具體情況具體分析，不能簡單地認為只要被查到兩次違法經營，煙草證就一定會被收回。