獨立凈身器在使用時，首先在如廁后，利用廁紙做初步清潔，隨后移動到凈身盆附近。打開水龍頭，根據個人情況調整水壓和出水方向，避免水流過大打濕衣物。初步熟悉后，可以選擇面向或背向墻面就座，開始進行沖洗。初次嘗試時，可能需要幾次練習才能找到最舒適和有效的沖洗角度。對于蓋板式凈身器，如廁后無需起身，直接沖水，然后打開右側凈身器開關，選擇適合的噴頭。一些產品配備兩個噴頭，一個用于清洗臀部，另一個則專為女性設計，用于清洗下身。接著，根據個人偏好調整水溫和出水力度與方式，出水方式包括水流、輕柔噴霧或旋轉式，有些噴頭還可以左右擺動，提供更好的清潔效果。清洗完畢后，可通過開關啟動烘干功能，確保干燥。使用完畢后，利用噴頭清潔功能進行自我清潔，確保下一位使用者的安全與衛生。對于女性用戶來說，使用凈身器時需特別注意，避免將肛門處的污物沖洗至生殖器部位，以免引發感染。