在口袋妖怪的世界里，神獸們的出現總是充滿神秘色彩。急凍鳥、閃電鳥和火焰鳥各自守護著不同的地方，它們的故事分別發生在哈吉左邊的道路、流星瀑布最深處的最深處以及冠軍之路上。而超夢則需要通過特定的NPC對話和破壞因子才能獲得，一旦選錯對話，超夢將消失不見。夢幻則需要玩家從超夢身上取下古代海圖，然后乘坐船只前往。水君則隱藏在山優市瀑布洞中，雷公則位于銀葉發電廠。炎帝則在火之捷徑上等待著勇敢的探險者。洛奇亞需要在抓完三只鳥之后才能找到，而鳳王則在抓完三只獸之后出現。雪拉比則在天元森林中沖浪，雷吉洛克和雷吉艾斯則與原版游戲保持一致。雷吉斯奇魯同樣如此，拉迪亞斯和拉帝歐斯也需要在阿田市水手處獲得船票，然后乘坐船只前往。固拉多、蓋歐卡和裂空座同樣遵循原版游戲的規則。基拉祈需要在超能市找到白色隕石，而代歐奇西斯則需要在拿到怪力術的洞窟中沖浪。帝牙盧卡則需要探索洞退潮后的冰洞，而帕路奇犽則在流星瀑布的新洞穴中等待著。席多藍恩則位于坐纜車的地方的后面。雷吉奇卡斯需要在神柱抓完后前往吉納的左邊，然后潛水挖洞。騎拉帝納的原始形態則在日落山大樓頂層的白墳墓中等待著。騎拉帝納的其他形態則需要使用月之石將其從原始形態變身而來。克雷色利亞則需要在道吉鎮的一棟房子里睡覺。瑪納霏則需要在雙鹿市進行潛水。達克萊伊同樣需要在阿田市的一棟房子里睡覺。潔咪則需要在孵蛋之道洞窟中孵化，而天空潔咪則需要潔咪使用太陽之石變身而來。阿爾宙斯則需要在捕捉帝牙盧卡、帕路奇犽和騎拉帝納之后，前往覺醒寺的最底部。如果帶著大師球，他將不會理睬玩家。而閃光篇中，紅色暴鯉龍則需要在沙孤樂園的某個池子里等待著，而皮卡丘色的皮丘則需要在沙孤樂園的道路中，通過切樹才能發現。暗黑洛奇亞則隱藏在廢棄船中，等待著玩家的到來。