滬昆專線長沙至昆明段的建設引起了曲靖市相關部門的高度重視。曲靖市與鐵路規劃設計部門積極配合，共同推進項目的進展。為了確定線路的具體走向和站位設置，相關部門進行了多次實地踏勘，并組織了多場討論會。在富源縣和馬龍縣的站點設置上，各方意見趨于一致，但對于線路通過曲靖城區的具體方案，仍存在爭議。中鐵二院提出了中線、南線和北線三個方案。經過討論，中線方案因涉及搬遷企業多、拆遷面積大等問題被放棄。最終，會議傾向于南線方案。該方案從富源北站引出，經過多樂，上跨盤西鐵路和曲勝高速公路，設隧道穿越曹家大山，進入曲靖壩子，沿壩子邊緣行走，經大龍、雞街，在新發村設曲靖南站。出站后線路轉向西，進入昆明。南線方案的優勢在于符合省政府批準的珠江源大城市發展規劃，對曲靖未來城市經濟發展有積極影響，且對珠江源大城市未來發展的影響較小。此外，該方案還有利于加快曲靖城區組團建設住房的步伐，保護曲靖居民飲用水源地，避免重復建設，減少與主干公路和河流的交叉，減少沿線企事業單位的拆遷。南線方案的主要弊端是線路比北線方案長2.89公里，拆遷面積更大，且通過軟土基的長度也比北線方案長。相比之下，北線方案線路比南線方案短2.89公里，工程投資相對較少，地質條件也優于南線方案。車站設置在城市建成區附近，靠近沾益縣，有利于旅客乘車，且拆遷面積相對較小。然而，北線方案的車站位置靠近城市北角，交通組織較差，與主干公路和鐵路交匯較多，對沿線工礦企業也有較大的干擾。