測定微生物繁殖時，需要計算個體數目。細菌和酵母菌處于單細胞狀態時，直接計算其數目。而放線菌和霉菌等絲狀生長的微生物，則需要計算孢子數。繁殖數直接計數法包括計數板直接計數法，使用計數板和光學顯微鏡直接觀察并計數微生物細胞。此方法的缺點是無法區分死菌與活菌，不適于對運動細菌的計數，需要相對高的細菌濃度，個體小的細菌在顯微鏡下難以觀察。染色后活菌計數法則采用特定染色技術進行活菌染色，然后用光學顯微鏡計數，可分別對活菌和死菌進行計數。比例計數法是將已知顆粒濃度的樣品與待測細胞濃度的樣品混勻后，根據二者之間的比例直接推算待測微生物細胞濃度。過濾計數法適用于樣品中菌數很低的情況，將一定體積的樣品通過膜過濾器，然后將濾膜干燥、染色，并經處理使膜透明，在顯微鏡下計算膜上細菌數。Coulter電子計數器基于菌體與液體導電性不同，一個細胞通過小孔時，電阻增加，形成一個脈沖。菌絲長度的測量方法包括平板法和U行管法。繁殖數間接計數法最常用的是菌落計數法，包括平板菌落計數法和膜過濾培養菌落計數法。平板菌落計數法要求樣品充分混勻，每支移液管及涂布棒只能接觸一個稀釋度的菌液，同一稀釋度三個以上重復取平均值，每個平板上的菌落數目合適(30-300)便于準確計數。一個菌落可能是多個細胞一起形成，所以科研中一般用菌落形成單位(CFU)來表示。厭氧菌的菌落計數法則需使用亨蓋特滾管培養法或半固體深層瓊脂法。