若公司擅自扣除員工薪資，可尋求勞動爭議調解委員會幫助，或者直接訴諸至法院。企業僅因合法或依法依規的原因扣除職工薪水時，無需支付補償金；但如無正當理由而違法扣除薪資，則需先通過協商解決。若協商未果，可向勞動爭議調解委員會提出投訴請求；若對調解結果不滿，可以選擇提交仲裁機構仲裁，也可直接向人民法院提起訴訟。法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》第八十五條用人單位有下列情形之一的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班費或者經濟補償；勞動報酬低于當地最低工資標準的，應當支付其差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金：（一）未按照勞動合同的約定或者國家規定及時足額支付勞動者勞動報酬的；（二）低于當地最低工資標準支付勞動者工資的；（三）安排加班不支付加班費的；（四）解除或者終止勞動合同，未依照本法規定向勞動者支付經濟補償的。