根據土壤的種類和位置等各有不同，土壤中的微生物種類繁多，數量極大，一克肥沃土壤中通常含有幾億到幾十億個微生物，貧瘠土壤每克也含有幾百萬至幾千萬個微生物，一般說來，土壤越肥沃，微生物種類和數量越多。另外，土壤表層或耕作層中及植物根附近微生物數量也較多。土壤中的漸生物主要有細菌、真菌、放線菌、藻類和原生動物。土壤中的微生物以細菌數量最多，細菌占土壤微生物總量的70%～90％，而且種類多，它們多數是異養菌，少數是自養菌。放線菌的數量僅次于細菌，多存在于偏堿性的土壤中，主要是鏈霉菌屬、諾卡菌屬和小單孢菌屬等。放線菌雖然數量比細菌少，但由于其菌絲體的體積比單個細菌大幾十倍甚至幾百倍，所以在土壤中的生物量也相近于細菌。土壤中的真菌各種類型都有，但以半知菌類為最多，主要分布于土壤表層中。土壤中的藻類數量遠遠少于上述各類，主要有綠藻、硅藻等。土壤中的原生動物都是單細胞異養型的，主要是纖毛蟲、鞭毛蟲、根足蟲等。上要是纖毛蟲、鞭毛蟲、根足蟲等。