水行政主管部門即主管本行政區水行政工作的國家機關，如水利部、各省級行政區水利廳（局）、市縣水利局等。水庫主管部門是水庫的產權所有人，負責水庫經營決策，水庫管理單位負責具體實施水庫生產經營工作。水庫管理單位可以和水庫主管部門是同一單位，但大部分情形屬于水庫主管部門的下級單位。從《重慶市小型水庫管理辦法（試行）》有關規定看各主體的職責：第二十一條水庫主管部門責任人由小型水庫的主管部門負責人或產權所有者擔任，對水庫安全管理工作承擔領導責任。第二十二條水庫管理單位責任人由小型水庫的管理單位負責人或管護人員擔任，對水庫安全管理工作全面負責。第二十三條水庫主管部門（或產權所有者）應按規定組織所屬小型水庫大壩進行安全鑒定，首次安全鑒定應在竣工驗收后5年內進行，以后應每隔6至10年進行一次。運行中遭遇特大洪水、強烈地震、工程發生重大事故或出現影響安全的異常現象后，應及時組織專門的安全鑒定。第二十五條市水利局、市財政局采取管理考核、運行督查、隨機抽查等工作方式，督促各區縣（自治縣）建立完善的小型水庫運行管護機制，規范日常管理行為。第二十六條區縣（自治縣）水行政主管部門應當會同有關職能部門對小型水庫安全責任制、機構人員、工程設施、管理制度、應急預案等落實情況進行監督檢查，掌握轄區內小型水庫總體狀況，對存在的問題提出整改要求，督促水庫主管部門改進小型水庫運行管理。第二十七條水庫主管部門應對水庫管理單位（管護人員）的水庫調度運用、巡視檢查等工作開展情況進行監督檢查，對發現的問題及時整改。例如：某法人組織投資興建一處水庫，負責該水庫的運行管理，那么該法人組織既是水庫的主管部門，又是水庫管理單位。再比如，某縣水利局在該縣負責投資興建多處水庫，并派駐本局二級單位負責各水庫的管理，那么該縣水利局既是該縣水行政主管部門，又是這些水庫的水庫主管部門。各水庫管理處（所）是本水庫的水庫管理單位。再比如，某國有大型發電集團在全國多個流域興建水庫（水電站），各水庫（水電站）由各水力發電廠負責運行管理。那么該國有發電集團是這些水庫（水電站）的主管部門，各水電站所處的流域的流域管理機構、各省、市、縣的水利廳（局）為其水行政主管部門，各水力發電廠為水庫管理單位。