氣相色譜儀在進樣后不出色譜峰，表現為檢測信號沒有變化，儀器不出峰，輸出仍為直線。首先檢查注射器是否堵塞，若無堵塞，再檢查進樣口和檢測器的石墨墊圈是否緊固、不漏氣，接著檢查色譜柱是否有斷裂漏氣情況，最后觀察檢測器出口是否暢通。檢測器出口的暢通至關重要。曾有人遇到這樣的情況：前一天儀器工作正常，第二天開機后卻無響應峰信號。經檢查，進樣口、注射器、墊圈和色譜柱均正常，但柱頭壓總是偏高。進一步檢查發現是ECD檢測器出口堵塞，原因是ECD排放物具有放射性，出口引至室外，秋冬之交雨水進入排出口后凍結，造成堵塞，氣體無法流動，樣品無法載至檢測器。氣相色譜基線波動、飄移都是基線問題，可導致測量誤差增大，甚至儀器無法正常使用。遇到基線問題時，首先檢查儀器條件是否改變，近期是否更換氣瓶及設備配件。若更換或條件改變，檢查是否是這些變化引起的。例如，新載氣純度不足，換載氣后基線上升，第二天開機基線高且抖動，所有峰消失在噪音中。經檢查，問題出在新載氣上，更換載氣后恢復正常。當排除上述可能后，檢查進樣墊是否老化，石英棉是否需更換，襯管是否清潔。清洗襯管時，先用溶劑浸泡，超聲波清洗幾分鐘，加熱到略高于工作溫度，最后重新安裝。檢測器污染也可能導致基線問題，可通過清洗或熱清洗解決。造成峰丟失的故障有兩種原因：一是氣路中有污染，二是峰沒有分開。氣路污染可通過多次空運行和清洗氣路（進樣口、檢測器等）解決。減少污染措施包括程序升溫的最后階段高溫清洗，注入進樣口的樣品清潔，減少高沸點油類物質使用，進樣口、柱溫、檢測器溫度盡量高。峰未分開可能是柱效下降或柱子老化，老化是漸進、緩慢的，假峰由系統污染和漏氣造成，解決方法是檢查漏氣和去除污染。記錄正常基線情況，在維護時作參考。氣相色譜儀故障點較多，恢復時間較長，維護時需正確分析原因。每檢查一個部件，將前后分析結果比較，避免問題擴大。通過反復嘗試，一定能解決問題。