針對棉花黃萎病的防控，有多種有效的策略。首先，需要清除零星病區、控制輕病區、改造重病區。對于病株超過0.2%的棉田，可采取人工拔除病株，挖除病土，并選用16%氨水或氯化苦、福爾馬林、90%～95%棉隆粉劑等進行土壤熏蒸或消毒。具體操作中，可以在6～7月發病高峰期，以病株為中心，每平方米內打深20厘米的孔25個，每孔中灌入氯化苦5毫升，共125毫升，隨后邊灌邊覆土踏實、潑水，防止藥液蒸發。接著，使用120倍液的粗二二乳劑或含氨16%以上的氨水1:9溶液5升進行鏟除，可消滅病點中的枯黃萎病菌，一般每平方米病點灌藥液45升。此外，90%～95%的棉隆每667平方米用有效成分3.6kg處理土壤，9～10月第二發病高峰期，均勻注入氯化苦原液90毫升，也能收到顯著效果。對于病株在0.2%～5%的輕病田，主要采取種植無病、抗病或耐病品種，結合無病土精加工棉種育苗移栽，以控制該病發生。同時，開溝排漬，降低地下水位，增施磷、鉀肥，提高抗病、耐病能力，清除病殘體。而對于病株在5%以上的重病田，主要依靠種植抗病、耐病品種及輪作等有效途徑。近年來，使用12.5%治萎靈液劑200～250倍液，于發病初期、盛期各灌1次，每株灌對好的藥液50～100毫升，防效可達80%～90%。另外，棉種消毒處理也是關鍵措施之一。可取比重為1.8以上的濃硫酸放入砂鍋等容器中加熱到110～120℃，按1:10的比例慢慢倒入棉籽中，邊倒邊攪拌，直至棉籽上茸毛全部焦黑，再用清水充分洗凈。然后，用80%的抗菌劑402，用量為種子重量的2.5～3倍，加熱至55～60℃后浸泡棉籽30分鐘，可有效殺滅棉種內外的枯萎病和黃萎病病菌。此外，也可使用50%多菌靈可濕性粉劑10克溶在25毫升的10%稀鹽酸中，對水975毫升，再加0.39平平加（棉紡用滲透劑，也可用海歐牌洗滌劑替代）配成1000毫升藥液，按每5公斤棉種用藥液17.5～20公斤于室溫下浸種24小時。還可以把多菌靈配成0.3%懸浮劑于室溫下浸種14小時。