在不同的地方，合作醫療的報銷金額有所不同。根據《諸暨市農村合作醫療制度暫行辦法》，該辦法主要針對參加農村合作醫療保險人員在結算年度內住院期間的醫療費用及特殊病種的門診費用進行補償。藥品、診療項目、醫療服務設施的范圍及支付標準參照《諸暨市城鎮職工基本醫療保險辦法》的相關規定。以下費用不納入報銷范圍：違法亂紀、犯罪、酗酒、打架斗毆、自殘自殺、交通事故、工傷、婦女生育、自購藥品、家庭病床等。住院當天及住院期間的所有醫療費用均可報銷。出院后如需繼續鞏固治療，出院時當天帶藥不超過15天量。出院后的門診（復診）費用（除特殊病種門診外）不在報銷范圍內。住院床位支付標準為每天最高不超過25元。某些營養制劑如人血白蛋白、脂肪乳劑需事先審批后方可使用，且需提供肝功能報告單。新藥、進口藥等未作特別規定。特殊材料如骨科用的鋼板，金額超過10000元需填寫特殊材料申請單。中藥采取定額報銷，門診每帖10元并附費用清單（特殊病種門診），住院每帖12元。對于轉院，醫護人員需準確填寫姓名并如實填寫病史。如因病情需要轉往市外就醫，需出具轉院證明并蓋章，憑證明和有關材料到諸暨市農村合作醫療辦公室核準。一般只轉入省定點醫院，每次轉外地就醫只可選定一家醫院。合醫人員在本市及省級定點醫院以外醫療機構診治的，按符合支付范圍醫療費用的80%計算報銷基數。特殊病種門診的醫療費用包括惡性腫瘤門診放化療、尿毒癥門診腎透析、器官移植后門診抗排斥治療、慢性再生障礙性貧血、系統性紅斑狼瘡（伴有心、肺、肝、腎及神經系統并發癥之一者）、肝硬化失代償期、精神分裂癥。報銷標準采用起付線、超過起付線部分分段支付、最高限額封頂的辦法。每人每年累計最高給付限額為15000元。具體標準為：1、500元及以下不予報銷；2、501元至5000元部分報銷20%；3、5001元至10000元部分報銷30%；4、10001元至20000元部分報銷40%；5、20001元以上部分報銷50%。在一個結算年度內有效住院費用達到40000元以上，并且由于大病導致家庭生活特別困難者，還可申請大病救助。病人出院時，需開具住院發票及住院期間病人費用匯總清單，并隨帶病歷、本人身份證、合作醫療證、轉院證明（如有）以及各種跌傷、撞傷還需村（或學校）證明。一般每月5日、15日、25日報銷，如有特殊也可隨時報銷。特殊病種門診報銷時，除以上材料外，醫院需出具醫療證明單。全年可多次報銷，累加支付，請醫護人員做好醫療報銷解釋工作。