真核基因主要分為細胞核基因和細胞質基因，依據是在細胞核內還是在細胞質內。細胞質基因進一步細分為線粒體基因和葉綠體基因，而細胞核基因則指細胞核內染色體上的基因。

真核基因組結構龐大，哺乳動物基因組DNA由約3×109 bp的核苷酸組成，大約有十多萬個基因，其余80％～90％的基因組可能沒有直接的遺傳學功能，這與原核生物截然不同。

真核基因的轉錄產物為單順反子，即一個編碼基因轉錄生成一個mRNA分子，經翻譯生成一條多肽鏈。重復序列及基因重組與生物進化有關，某些重復序列發生在調控區，如轉錄終止區、衰減調控區及某些酶或蛋白因子結合位點，則可能對DNA復制、轉錄調控具有重要意義。

真核結構基因兩側存在不被轉錄的非編碼序列，往往是基因表達的調控區。在編碼基因內部尚有一些不為蛋白質編碼的間隔序列，稱內含子，而編碼序列稱外顯子，因此真核基因是不連續的。不同剪接方式可形成不同的mRNA，翻譯出不同的多肽鏈，因此轉錄后的剪接過程是真核基因表達調控的另一重要環節。

基因對內、外環境信號刺激的反應性不同，基因表達方式存在很大差異。管家基因是指某些基因產物對生命全過程都是必需的或必不可少，這類基因在一個生物個體的幾乎所有細胞中持續表達。

可誘導基因在特定環境信號刺激下被激活，基因表達產物增加，這種基因是可誘導的。誘導是指可誘導基因在特定環境中表達增強的過程?？勺瓒艋蛟谔囟ōh境信號刺激下對環境信號應答時被抑制，這種基因是可阻遏的。阻遏是指可阻遏基因表達產物水平降低的過程。

可誘導或可阻遏基因除受到啟動序列或啟動子與RNA聚合酶相互作用的影響外，還受其他機制調節。誘導和阻遏是同一事物的兩種表現形式，在生物界普遍存在，也是生物體適應環境的基本途徑。乳糖操縱子機制是認識誘導和阻遏表達的典型模型。

協調表達是指在一定機制控制下，功能上相關的一組基因，無論其為何種表達方式，均需協調一致、共同表達，即協調調節。