科研項目涵蓋多個領域，包括數學機械化、高性能科學計算理論及軟件設計新概念、長江和黃河流域水資源演化規律、主要淡水湖泊的富營養化問題、惡性腫瘤、心腦血管疾病和老年病等重大疾病的發病機理研究。我國在高性能計算機、第三代移動通信、高速信息網絡、深海機器人、工業機器人、天地觀測系統、海洋觀測與探測、新一代核反應堆、超級雜交水稻、抗蟲棉、基因工程等領域已在全球范圍內占據一席之地。同時，我國也重視高技術集成創新和培育戰略性新興產業，如生物工程藥物、通信設備、高性能計算機、中文信息處理平臺、人工晶體、光電子材料與器件等。科研項目的目標分為兩類：一類是經驗問題，主要關注經驗事實與理論的相容性，即經驗事實對理論的支持或證偽，以及理論對觀察的滲透，理論預測新實驗事實的能力等問題。另一類是概念問題，主要關注理論本身的自洽性、洞察力、精確度、統一性以及與其他理論的相容程度和理論競爭等問題。科學研究旨在提供一個對自然界進行統一理解的解釋性范式或模型，即“自然秩序理想”。這一理想使得分散的經驗事實能夠相互聯系，構成理論體系的基本公理和原則，成為整個科學理論的基礎和核心。