可以異地辦理，但是要有當地的居住證。辦理時要帶上本人身份證原件，港澳通行證照片以及居住證到當地出入境部門辦理。內地居民單獨申請往來港澳通行證，應當按要求填寫申請表，回答有關詢問即可。辦理時需提交的材料：1、提交符合《出入境證件相片照相指引》標準的申請人照片。2、交驗申請人居民身份證原件，申請人未滿16周歲，也可交驗居民戶口簿；軍人應交驗軍人身份證明。上述身份證件須留存復印件或者電子掃描圖片。3、按規定提交或者核驗指紋信息。4、按照公安部有關規定在非常住戶口所在地申請往來港澳通行證的，還須提交符合在非常住戶口所在地申請條件的證明。5、軍人、登記備案的國家工作人員，應當提交本人所屬單位或者上級主管單位按照人事管理權限審批后出具的同意辦理出入境證件的函。6、未實行按需申領護照地區的內地居民，還須按照有關規定出具相關證明材料。注意事項：1、辦理人必須沒有在香港或澳門從事非法活動的記錄；2、異地戶籍人員在居住地再次簽注只限旅游簽注和探親簽注兩種；3、所申請簽注有效期不能超過往來港澳通行證有效期，若申請有效期為3個月的簽注，必須保證通行證有效期大于110天；申請有效期為1年的簽注，必須保證通行證有效期大于385天。法律依據《中華人民共和國出境入境管理法》 第十條 中國公民往來內地與香港特別行政區、澳門特別行政區，中國公民往來大陸與臺灣地區，應當依法申請辦理通行證件，并遵守本法有關規定。具體管理辦法由國務院規定。