國務院衛生行政部門。每個省、市、縣 ，都會有疫情防控指揮部 ，具體疫情隔離實施的部門 ，是市縣區的疾病預防控制中心。疾病預防控制中心主要開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急、環境與職業健康、營養健康、老齡健康、婦幼健康、放射衛生和學校衛生等工作。疾病預防控制中心主要開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急、環境與職業健康、營養健康、老齡健康、婦幼健康、放射衛生和學校衛生等工作；組織制定國家公共衛生技術方案和指南，承擔公共衛生相關衛生標準綜合管理工作；開展傳染病、慢性病、職業病、地方病、突發公共衛生事件和疑似預防接種異常反應監測及國民健康狀況監測與評價；參與國家公共衛生應急準備和應對，組織制定食品安全事故流行病學調查和衛生處理相關技術規范；開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急、公眾健康關鍵科學研究和技術開發；開展公共衛生專業領域的研究生教育、繼續教育和相關專業技術培訓等工作。法律依據《中華人民共和國傳染病防治法》第一條　為了預防、控制和消除傳染病的發生與流行，保障人體健康和公共衛生，制定本法。第二條　國家對傳染病防治實行預防為主的方針，防治結合、分類管理、依靠科學、依靠群眾。第五條　各級人民政府領導傳染病防治工作。縣級以上人民政府制定傳染病防治規劃并組織實施，建立健全傳染病防治的疾病預防控制、醫療救治和監督管理體系。第六條　國務院衛生行政部門主管全國傳染病防治及其監督管理工作。縣級以上地方人民政府衛生行政部門負責本行政區域內的傳染病防治及其監督管理工作。縣級以上人民政府其他部門在各自的職責范圍內負責傳染病防治工作。軍隊的傳染病防治工作，依照本法和國家有關規定辦理，由中國人民解放軍衛生主管部門實施監督管理。第七條　各級疾病預防控制機構承擔傳染病監測、預測、流行病學調查、疫情報告以及其他預防、控制工作。醫療機構承擔與醫療救治有關的傳染病防治工作和責任區域內的傳染病預防工作。城市社區和農村基層醫療機構在疾病預防控制機構的指導下，承擔城市社區、農村基層相應的傳染病防治工作。