學校扣押畢業證，是不合法的。因為學生按規定完成學業，學校沒有充分理由不得以各種各樣的名義私自扣押學生畢業證，因此學校私自扣押學生證的做法是違法的。學校扣押畢業證的行為是不合法的，因為其不享有合法的扣押權，遇到扣押畢業的情況可以到當地教育局投訴，維護自己的合法權益。學校無權扣留畢業證。畢業證書是證明學生已按國家要求完成學業，并經過考試考核符合國家相關規定，準予畢業的證明文件，校方無權扣押學生的畢業證書。如果學生因未按約定期限歸還貸款或有其他違約行為，學校可要求學生承擔相應的違約責任，履行歸還義務、賠償損失等。如學校仍扣押畢業證書，可以向法院提起訴訟。當然，學生一方也應當盡己所能、想方設法履行還款義務。學生未交清學費，學校扣押畢業證不違法。借口如下：1、法律、法規、規章并無明文限定禁止學校扣押學生畢業證。2、畢業生未交清學費，學校讓學生讀到畢業，學校也盡力了，學生應懂得感恩。3、學校扣押畢業證的前提是學生未交清學費，學生工作后掙錢了或者其他途徑有錢了，趕緊還完學費，是能夠拿回畢業證的，學生應該盡力在這方面努力。4、欠費被學校采取措施也是正常的做法，不違背公序良俗，否則，因為個別學生不自覺，學校難以足額收到學費，影響學校正常運作。【法律依據】：《普通高等學校學生管理規定》 第三十二條 學生在學校規定學習年限內，修完教育教學計劃規定內容，成績合格，達到學校畢業要求的，學校應當準予畢業，并在學生離校前發給畢業證書。符合學位授予條件的，學位授予單位應當頒發學位證書。