1、特征不同：脊索動物在其個體發育全過程或某一時期具有脊索、背神經管和鰓裂（即脊索動物門的三大特征）。無脊椎動物是背側沒有脊柱的動物，它們是動物的原始形式。2、范圍不同：脊索動物包括尾索動物亞門（如異體住囊蟲、柄海鞘）、頭索動物亞門（如文昌魚）和脊椎動物亞門（為此門最重要和最多的類群，包括圓口綱、軟骨魚綱、硬骨魚綱、兩棲綱、爬行綱、鳥綱和哺乳綱）。無脊椎動物包括原生動物、棘皮團緩動物、軟體動物、扁形動物、環節動物、腔腸動物、節肢動物、線形動物等。擴展資料：脊椎動物亞門：（1）圓口綱（Cyclostomata）：無頜，又稱無頜類（Agnatha）；無成對附肢。脊索終生存在，并出現雛形脊椎骨。（2）甲胄魚綱：無頜，又稱無頜類（Agnatha），出現成對的鰭。脊索終身存在，并出現雛形脊椎骨。（3）盾棗或局皮魚綱：出現下頜骨，體表擁有骨板。（4）軟骨魚綱（Chondrichthyes）體被盾鱗，鰓裂直接開口于體外。（5）輻鰭魚綱（Osteichthyes）骨骼大多為硬骨，體被硬鱗、圓鱗或櫛鱗，鰓裂不直接開口于體表。（6）棘魚綱：背鰭、胸鰭、腹鰭和臀鰭的前端有硬棘。形體似鯊，歪形尾；胸、腹鰭發育完全，但鰭條不發育，在胸鰭和腹鰭之間有“額外”的偶鰭，或叫附加鰭；體被細小菱形鱗片，其結構似軟骨硬鱗魚；眼大，側生，前位并有圍眶骨。背鰭一個或兩個；有原始的頜，一個擴大的凳讓上頜骨與發育完善的下頜咬合，上頜無牙，下頜有牙；內骨骼已開始骨化。（7）肉鰭魚綱：擁有肉鰭，能夠初步上陸地。（8）兩棲綱（Amphibia）：由水上陸的過渡種類，幼體魚形，以鰓呼吸，成體出現5指（趾）型四肢，皮膚裸露，以肺和皮膚呼吸。與其他更高等脊椎動物共稱為四足類（Tetrapoda）。（9）爬行綱（Reptilia）：完全陸生。皮膚干燥，被以角質鱗、角質骨片或骨板。肺呼吸。胚胎發育中出現羊膜，與鳥類、哺乳類共稱為羊膜類（Amniotes）。其他各綱脊椎動物稱為無羊膜動物（Anomniotes）。（10）鳥綱（Aves）：全身被羽，前肢變為翼，適應空中飛翔生活。血液循環為完全雙循環，恒溫，卵生。與哺乳類共稱為恒溫動物（Endotherm）。其他脊椎動物均為變溫動物（Ectotherm）。（11）哺乳綱（Mammalia）：體外被毛，恒溫，胎生（單孔類除外），哺乳（具乳腺）。參考資料來源：百度百科-脊索動物門參考資料來源：百度百科-無脊椎動物