檢察院讓簽認罪認罰后不起訴是合法的。根據法律規定，檢察院對于犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。構成刑事犯罪的，要依據觸犯的罪名，根據犯罪的事實、犯罪的性質、情節和對于社會的危害程度等因素，依據刑法規定的標準進行處罰。檢察院認罪和法院認罪區別在以后的量刑上有區別。在檢察院簽認罪書從一定程度上證明嫌疑犯的犯罪行為已經確定，如果簽了認罪書是認罪態度良好的表現，當移交人民法院審判時可以依據情況量刑。因此，如果沒有充分的無罪證明一般建議在檢察院認罪。認罪悔罪的，可以從輕處罰。依據我國相關法律規定，犯罪嫌疑人向人民檢察院認罪認罰的，如果犯罪事實已經查清，證據確實、充分，要追究刑事責任的，會提起公訴。法律依據《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百七十六條人民檢察院認為犯罪嫌疑人的犯罪事實已經查清，證據確實、充分，依法應當追究刑事責任的，應當作出起訴決定，按照審判管轄的規定，向人民法院提起公訴，并將案卷材料、證據移送人民法院。犯罪嫌疑人認罪認罰的，人民檢察院應當就主刑、附加刑、是否適用緩刑等提出量刑建議，并隨案移送認罪認罰具結書等材料。第一百七十七條　犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有本法第十六條規定的情形之一的，人民檢察院應當作出不起訴決定。對于犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。人民檢察院決定不起訴的案件，應當同時對偵查中查封、扣押、凍結的財物解除查封、扣押、凍結。對被不起訴人需要給予行政處罰、處分或者需要沒收其違法所得的，人民檢察院應當提出檢察意見，移送有關主管機關處理。有關主管機關應當將處理結果及時通知人民檢察院。