系統論與唯物辯證法在發展歷史和理論來源上存在顯著差異。系統論的形成源于現代科學革命和技術革命的必然需求，以及科學管理和科學方法論的進步，同時也受到了第二次世界大戰中軍事需求的直接推動。相比之下，唯物辯證法作為馬克思主義哲學的關鍵部分，早在19世紀40年代就已經出現，其誕生是基于資本主義社會矛盾加劇、無產階級斗爭以及自然科學突飛猛進的背景，也是歐洲哲學和社會科學發展的結果。黑格爾的辯證法和費爾巴哈的唯物主義為馬克思主義哲學奠定了理論基礎。兩者的研究對象也截然不同。系統論被描述為“關于整體的科學”，它專注于將研究對象視為系統進行分析，揭示了有組織復雜系統的運動規律。歷史上，科學技術的進步與人類理解世界的能力緊密相連。然而，唯物辯證法則專注于“關于聯系和發展”的科學，其研究對象涵蓋了自然、社會和思維發展的一般過程和規律，揭示了整個世界發展的普遍規律。這些規律具有高度的概括性和普遍適用性，不僅適用于系統論探討的有組織復雜系統，還適用于傳統自然科學中的有組織簡單系統，甚至包括統計力學、分子物理學和概率論中的無組織簡單系統，以及那些尚未成為獨立學科的無組織復雜系統。因此，系統論與唯物辯證法的研究對象存在本質區別。