員工在工傷鑒定后仍需住院治療，這期間的醫療費用依舊由工傷保險基金承擔。依據《社會保險法》的規定，工傷保險基金將支付包括治療工傷的醫療費用和康復費用在內的多項費用。具體來說，治療工傷的醫療費用和康復費用、住院期間的伙食補助費、以及到統籌地區以外就醫的交通食宿費等都屬于工傷保險基金支付的范圍。但需要注意的是，在員工尚未完成醫療終結之前，單位需要承擔護理費。護理費的承擔根據《社會保險法》第三十八條的規定，生活不能自理的工傷職工，經勞動能力鑒定委員會確認后，由用人單位支付生活護理費。此外，根據《工傷保險條例》第三十八條的規定，工傷職工在工傷復發確認需要治療時，可以享受與初次工傷相同的待遇。這包括治療工傷期間的工資福利，以及工傷復發后按照《工傷保險條例》第三十條、第三十二條和第三十三條規定的各項工傷待遇。對于五級、六級傷殘的職工，在終止或解除勞動合同時，用人單位還需支付一次性傷殘就業補助金。此外，工傷職工因工死亡的，其遺屬還可以領取喪葬補助金、供養親屬撫恤金和因工死亡補助金。綜上所述，在員工工傷鑒定后仍然需要住院治療的情況下，醫療費用由工傷保險基金支付，護理費由單位承擔，而治療期間的工資福利同樣需要單位支付。這些待遇的支付依據《社會保險法》和《工傷保險條例》的相關規定。