在1936年5月4日，亨克爾在奧拉寧堡開始建設一座新的工廠，專門用于生產He 111中型轟炸機。經過一年的建設，第一架He 111于1937年5月4日從生產線上下線。這座工廠原本是由德國政府投資建造，并歸德國政府所有，但后來帝國航空部門（RLM Luftwaffe）的行政辦公室建議將這座工廠命名為“恩斯特·亨克爾公司（Ernst Heinkel GmbH）”，并以500萬帝國馬克的資本成立公司。恩斯特·亨克爾本人持有公司150,000帝國馬克的股份。在開戰的第一年，這座工廠便生產了452架He 111s和69架Junkers Ju 88。到了1939年9月，德國空軍共接收了808架He 111。恩斯特·亨克爾在他的回憶錄中提到，1939年又生產了452架，使得總數達到了1260架。然而，1940年的不列顛空戰中，He 111遭受了重大損失，共有756架被摧毀。與此同時，Ju 88的生產量增加到了1816架。在巴爾干半島和東戰線的戰斗中，He 111也遭受了重大損失。為了彌補損失，He 111在1941年的產量增加到了950架。到了1942年，產量進一步提升至1337架。盡管Ju 88的生產數量仍然較高，在1942年達到了2270架。1943年，He 111的產量進一步提高至1405架，但Ju 88的生產量達到了2160架。在1944年，盟軍轟炸機對He 111的生產設施發起了攻擊，但在“大周未”行動中未能成功阻止或破壞生產。截至1944年底，亨克爾公司共生產了756架He 111。同時，Junkers公司生產了3013架飛機，其中600架為轟炸機版本。在1939年至1944年期間，亨克爾He 111的總產量達到了5656架，而Ju 88的總產量為9122架。由于德國空軍當時正處于戰略防御階段，He 111和Ju 88的生產最終都被中止。最后一批He 111的生產在1944年9月，其中包括118架轟炸機。此外，還生產了21架Junkers Ju 87、74架Junkers Ju 188、3架Junkers Ju 388和18架Arado Ar 234。亨克爾的一些發展型號并未投入生產，包括He 177，僅有兩架He 111被建成。