火影忍者大亂斗2游戲中，每位角色的操作方式略有不同。鳴人的技能組合包括：螺旋丸，快捷鍵為↓，→，U；螺旋手里劍，快捷鍵為↓，→，U；飛鏢，快捷鍵為→，U；風魔手里劍，快捷鍵為→，U；回旋踢，快捷鍵為↓，←，K；分身踹，快捷鍵為→，→，K；踢一腳再追擊一腳，快捷鍵為K，↓，→，K；瞬間移動再打一拳，快捷鍵為→，→，J；上勾拳，快捷鍵為↓→，J。鼬的技能包括：火遁·大火球之術，快捷鍵為↓，→，U；萬花筒寫輪眼：天照，快捷鍵為↓，←，U；萬花筒寫輪眼：月讀，快捷鍵為↓，←，U；飛踢，快捷鍵為↓，→，K；到地踹，快捷鍵為↓→，K；分身后腦踹，快捷鍵為↓，←，K；手里劍勾擊，快捷鍵為↓→，J；分身拳再一飛鏢，快捷鍵為↓，→，J，J；連續拳，快捷鍵為→，→，J；分身拳，快捷鍵為↓，→，J。佐助的技能組合為：千鳥，快捷鍵為↓，→，U；暗黑千鳥，快捷鍵為↓，→，U；火遁·豪火球之術，快捷鍵為↓，←，U；回旋踢，快捷鍵為↓，→，K；下踢，快捷鍵為↓，←，K；掃堂腿，快捷鍵為↓→，K；三連擊，快捷鍵為↓→，J；手里劍勾擊，快捷鍵為↓，→，J。卡卡西的技能包括：雷切，快捷鍵為↓，→，U；萬花鏡寫輪眼，快捷鍵為↓，→，U；飛鏢，快捷鍵為前進時，U；三連擊，快捷鍵為↓→，J；空手劈，快捷鍵為↓，→，J；二連拳，快捷鍵為→，→，J；大腳飛踢，快捷鍵為↓，→，K；倒地腿，快捷鍵為↓→，K；單腳飛踢，快捷鍵為→，→，K。我愛羅的技能組合為：絕對防御，快捷鍵為↓，→，U；飛鏢，快捷鍵為前進時，U；砂之刺，快捷鍵為→，J；砂之拳頭，快捷鍵為↓→，J；砂之大拳頭，快捷鍵為←，J；砂之箭，快捷鍵為↓，K；中距離砂之腳，快捷鍵為↓→，K；遠距離砂之腳，快捷鍵為→，→，K。丁次的技能包括：肉彈戰車，快捷鍵為↓，→，U；飛鏢，快捷鍵為前進時，U；肉彈氣球，快捷鍵為↓，→，J；部分倍化術：手，快捷鍵為↓→，J；泰山壓頂，快捷鍵為→，→，J；部分倍化術：腳，快捷鍵為↓，→，K；倒地踹你腳，快捷鍵為→，→，K。詳情