航海世紀的副本種類繁多，陸戰副本中，馬略卡和克里特副本相對容易，而馬達加斯加和孟買泰姬陵副本則需要540以上的精準才能有效命中BOSS。難度較高的陸戰副本有直沽郊外的皇陵副本，要求傷減達到110以上才能順利通關，還有南美的瑪雅副本，需要傷減120以上才可能成功。暴風島副本分為普通和精英兩個版本，普通副本需要21萬以上的陸戰積分來保證戰斗中的生存，而精英副本則要求玩家擁有30萬以上的積分。沒有足夠的積分，北地的副本和亞特副本都難以通過。海戰副本中，克里特海戰副本較為簡單，可以掉落低級船頭和火炮，以及海靈海烏等精煉海戰首飾的道具。直布羅陀海戰副本難度中等，需要100左右的回避值，才能獲得暴風爆炎石。難度較高的倫敦海戰副本則需要250以上的回避值。馬耳他海戰副本分為初級、中級和精英三個級別，初級需要90回避值才能擊殺BOSS哈桑，中級則需要保護島上的炮臺耐久，同時擁有125回避值和400炮左右的戰船，用哈桑的尾舵兌換門票。精英級副本同樣需要門票，并且難度更大。亞丁海場則是每晚9點刷新BOSS的副本，需要100以上的回避值才能成功擊殺。