《國寶檔案》欄目使用的音樂相當豐富多樣，其中以日本元老級配樂組合SENS“神思者”的兩部經典音樂專輯最為常見，《海上絲綢之路三部曲》和《故宮三部曲》。這兩部專輯中包含多首經典曲目，比如《迦羅》、《茶之圓舞曲》和《海神》等。其中，《迦羅》的曲目包括myooncho、hicho和anton，《茶之圓舞曲》則包括Happy Arabia、Jambia Dance和Compass，《海神》的曲目則是THE GOD OF THE SEA、SIGIRIYA LADY和APHRODITE。除此之外，《故宮三部曲》中的《故宮》、《故宮續曲》和《再見！故宮》也常被使用。《故宮》包含Palace Memories、Treasures和The Dragon，《故宮續曲》則有Pipes of War，《再見！故宮》則使用了Edge of the Storm和Seed of Hope。除此之外，欄目中還使用了《悲情城市》中的曲目A CITY OF SADNESS。值得注意的是，《國寶檔案》欄目還使用了一些游戲音樂，如《軒轅劍三外傳－天之痕》中的“如憶玉曲”。雖然一些人認為欄目在“盜用”經典曲目，但我認為音樂的價值在于其廣泛傳播和受眾認同。許多紀錄片和電視劇的配樂都采用來自不同國家的優秀作品，這是因為這些作品能夠更恰當地配合情景，產生共鳴。我個人認為，只要音樂運用得當，這種做法并沒有什么不好。當然，這只是我個人的觀點，歡迎大家提出不同的意見進行討論。