結晶是蜂蜜又一重要的物理特性，蜂蜜是葡萄糖的飽和溶液。在適宜條件下，小的葡萄糖結晶核不斷增加，長大，便形成結晶狀。緩緩下沉，在溫度為13—14℃時，能加速結晶過程。然而蜂蜜含有幾乎與葡萄糖等置的果糖，以及糊精等膠狀物質，十分粘稠，能推遲結晶的過程。蜂蜜較之其他過飽和溶液穩定。在含水量低的蜂蜜中，大多數的結晶粒留在蜂蜜中，果糖摻雜在中間成為一體；在含水量高的蜂蜜里，結晶的葡萄糖粒很快沉底，形成明顯的固態、液態兩層，稱之為“半結晶”。有時也發現葡萄糖晶體在上層，底層為液體，中間夾著氣體，這是由于結晶蜜發酵產生二氧化碳把固態結晶核頂到上層，粘附于容器壁的緣故。結晶蜂蜜在形態上有細膩、細粒和粗粒的區別，這與蜂蜜成分以及貯存條件有關，有些蜂蜜容易結晶，大多數蜂蜜在較低溫度下結晶，少數蜂蜜長時間不結晶。如果蜂蜜出現了白色我們稱之為正常的蜂蜜結晶，可以簡單的理解為一種物理變化，跟水結冰類似；如果蜂蜜中的造價商添加白糖糖漿等出現了白色，我們稱之為“沉淀”，一旦定義為沉淀就是說這蜂蜜是假的。