1.海峽通路狹小問題例如馬六甲海峽南部出口，一條在新加坡附近的水道（英文：Phillips Channel），雖然有805公里長，但最窄處只有2.8公里寬。為海上交通造成不便。 2.海盜猖獗由于馬六甲海峽是繁忙水道，且海峽有很多寬度狹小處。19世紀時，馬六甲海峽就是一個海盜猖獗的海峽。海盜盜劫來往的商船。 21世紀海盜也并未消失，且日益猖獗。這是由于馬六甲海峽貨船增多，而馬來西亞、印尼、新加坡三國海軍的實力有限，馬六甲海峽又是三國交界，國際間合作有些問題。 現代在馬六甲海峽發生的海盜事件，從1994年的25宗增加到2000年的220宗。而在2003年則發生了150宗，占世界海盜事件的三分之一。 為了對抗海盜，馬來西亞、印尼、新加坡三國海軍于2004年7月開始已經增加了巡邏次數，要全年全天候巡邏馬六甲海峽。 3.恐怖主義的威脅由于馬六甲海峽寬度最窄處只有37公里，而其深度只有25米。很多專家當心若恐怖份子將一些船只弄沉在這些地區。將會對世界經濟造成巨大損失。 4.印尼造成的煙霧由于印尼常發生森林大火，有些印尼人又有燒森林進行火耕的傳統，結果馬六甲海峽常出現煙霧。影響了航行安全。有時候可見度只剩下200米。 5.水深漸淺﹐會發生擱淺事故馬六甲海峽海底平坦，多為泥沙質，而且水流平緩，容易淤積泥沙﹐所以水下有數量不少的淺灘與沙洲。巨大的郵輪擱淺事故時有發生。有者預計，由于兩岸泥沙迅速淤填，在一千年后，馬來半島與蘇門答臘島可能相接，馬六甲海峽會消失。 戰略目標1.沿岸國家馬六甲海峽的沿岸國家，即新加坡、馬來西亞、印尼三國。其中印馬兩國一直反對外部力量介入馬六甲海峽，認為這將是對其主權的侵犯。一直以來，沿海三國對處理馬六甲海峽事務遵循三原則：沿岸國家對附屬海域擁有主權和維護安全的義務承認相關大國在該區域有利益一切行動必須尊重國家主權和依據國際法。沿海三國于1971年11月簽訂了關于馬六甲海峽的公約，反對海峽‘國際化’，宣布三國共管海峽事務。專家認為，沿海三國會有選擇性的接受各大國的幫助，但只是提供裝備、後援、訓練之類的低度、間接幫助，只能間接地提供幫助來加強對海峽的巡邏能力，從而有效地控制和減少海盜以及恐怖襲擊事件的發生，而不是讓大國國直接介入馬六甲海峽事務。2.中華人民共和國中華人民共和國的85%的石油依靠水路運送。多需要經過馬六甲海峽。2006年4月20日馬來西亞交通部長陳廣才在受星報(英文：The Star）中說，由于馬六甲海峽頻發生的海盜活動，增加了人們對該海峽受到恐怖主義攻擊危險的擔憂。在陳廣才近期造訪北京時，馬六甲海峽保安是主要談論課題之一。中國提出為加強馬六甲海峽的保安提供幫助。協助的形式將是交換訊息，以及派送專家來訓練馬來西亞海事人員。馬來西亞政府已經同意了中國提議的一份兩國海事合作諒解備忘錄。中國政府將在同年4月尾，派一組專家到大馬，商談備忘錄細節。 3.美國由于馬六甲海峽的地位重要，美國近年來一直渲染馬六甲海峽面臨著嚴重的海盜和恐怖主義威脅，以藉此介入馬六甲海峽。2005年6月，美國國防部長拉姆斯菲爾德在新加坡出席第四屆亞洲安全會議期間，就多次提及沿岸國海軍力量難以應付海盜和恐怖襲擊，希望美軍能夠進駐該地區，并稱美國愿意與沿海國家組成聯合巡邏隊，確保馬六甲海峽安全，但是遭到馬來西亞與印尼的拒絕。 有專家認為，美國介入馬六甲海峽是為了遏制中國崛起。