集裝箱上的編號系統獨特且精密。集裝箱編號由11位組成，前四位是字母，其中前三個表示箱主代碼，如中遠為CBH，中海為CCL，弘信為TGH，U則代表集裝箱。編號的第四位是U，后七位是數字，用于標識具體編號，1和9開頭的集裝箱通常為特種箱，而4、7、8開頭的是大柜，2、3開頭的是小柜，最后一位數字則是識別碼。集裝箱運輸中，門到場（door to cy）是指從發貨人的倉庫或工廠到目的地或卸箱港的集裝箱裝卸區堆場；門到站（door to cfs）則是從發貨人的倉庫或工廠到目的地或卸箱港的集裝箱貨運站；場到門（cy to door）是起運地或裝箱港的集裝箱裝卸區堆場至收貨人的貨倉或工廠倉庫；場到場（cy to cy）則是從起運地或裝箱港的集裝箱裝卸區堆場至目的地或卸箱港的集裝箱裝卸區堆場；場到站（cy to cfs）是起運地或裝箱港的集裝箱裝卸區堆場至目的地或卸箱港的集裝箱貨運站；站到門（cfs to door）是起運地或裝箱港的集裝箱貨運站至收貨人的貨倉或工廠倉庫；站到場（cfs to cy）是起運地或裝箱港的集裝箱貨運站至目的地或卸箱港的集裝箱裝卸區堆場；站到站（cfs to cfs）則是起運地或裝箱港的集裝箱貨運站至目的地或卸箱港的集裝箱貨運站。全集裝箱船的箱位數（number of slots）是其能容納的集裝箱數量，以20英尺換算單位表示。箱位（slots）在集裝箱堆場上，根據集裝箱尺寸劃分規則，形成規則格狀，便于堆放。在這些箱位上標有號碼，便于裝船。排號（bay number）是指集裝箱在專用船上的橫排積載位置，編號從船首至船尾依次為01、02、03……。行號（row number）或稱列號，是指集裝箱在專用船上的縱列積載位置，有兩種編號方法，一種是從左舷端向右依次為01、02……，另一種是從中間左右分標，左舷為單號，自中線向左編為01、03、05……，中線向右舷編為雙號02、04、06……。層號（tier number）是指集裝箱在專用船上的立體積載位置，分為甲板和倉內兩種編號方法。甲板上的編號自上而下依次編號，并在數字前加一“D”字。艙內的編號自上而下依次編號，并在數字前加一“H”字。箱位號（slot number）是集裝箱在船上的具體積載位置，由六個數字組成，前兩個數字為排號，中間兩個為行號，后兩個為層號。例如，箱位0402D1表示集裝箱積載在第四排右舷第二行甲板第一層。