工程資質備案通常是在建設主管部門進行的。根據建筑業企業資質管理的規定，不同等級和類別的資質對應的許可部門也有所不同。對于以下建筑業企業資質，由國務院住房城鄉建設主管部門負責許可：施工總承包資質序列特級資質、一級資質及鐵路工程施工總承包二級資質；專業承包資質序列公路、水運、水利、鐵路、民航方面的專業承包一級資質及鐵路、民航方面的專業承包二級資質，以及涉及多個專業的專業承包一級資質。而其他建筑業企業資質，則由企業工商注冊所在地的省、自治區、直轄市人民政府住房城鄉建設主管部門負責許可：施工總承包資質序列二級資質及鐵路、通信工程施工總承包三級資質；專業承包資質序列一級資質（不包括公路、水運、水利、鐵路、民航方面的專業承包一級資質及涉及多個專業的專業承包一級資質）。除了上述提到的資質外，其他工程資質備案的具體要求和流程，可以參考相關網站上的詳細信息。