調(diào)查發(fā)現(xiàn)，使用收購發(fā)票的29戶企業(yè)稅負率過低，平均稅負率為1.45%。其中，工業(yè)企業(yè)為1.65%，商貿(mào)企業(yè)為1.25%。工業(yè)企業(yè)略高于商貿(mào)企業(yè)，國有企業(yè)、集體企業(yè)略高于私營企業(yè)和股份制企業(yè)，使用量少的企業(yè)略高于使用量大的企業(yè)。總體上看，用票企業(yè)比不用票企業(yè)增值稅稅負率偏低。在現(xiàn)實生活中，企業(yè)直接收購農(nóng)產(chǎn)品，耗時費力成本高，而且農(nóng)戶家庭生產(chǎn)的農(nóng)副產(chǎn)品一般量少、價值低，農(nóng)民一般很少直接銷售給廠家，往往由簡單靈活、貨物周轉(zhuǎn)快、投入少、費用低的“經(jīng)紀(jì)人”收購后，再銷售給生產(chǎn)廠家。從調(diào)查的情況分析，企業(yè)通過“經(jīng)紀(jì)人”購入的農(nóng)產(chǎn)品所占比重應(yīng)大于直接從農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者手中收購，稅務(wù)機關(guān)難以對“經(jīng)紀(jì)人”實施有效稅收管理。調(diào)查還發(fā)現(xiàn)，一些企業(yè)利用收購發(fā)票自行填開、現(xiàn)金交易的便利，虛構(gòu)收購業(yè)務(wù)，虛擬銷售者的姓名和地址，自報入庫數(shù)量，自行提高農(nóng)產(chǎn)品的收購金額；有的還將收購人員的工資、補貼及收購時發(fā)生的運營費用、業(yè)務(wù)招待費等相關(guān)費用計入收購價格中，造成收購價格虛高；有的把收購低規(guī)格貨物按高規(guī)格貨物的價格填開，使票面金額大大高于實際支付的現(xiàn)金，從而達到多抵扣增值稅，虛增成本，少繳企業(yè)所得稅的目的。根據(jù)規(guī)定，收購發(fā)票必須按每一筆收購業(yè)務(wù)逐筆開具，填寫時必須項目齊全，內(nèi)容真實。而目前部分企業(yè)在收購發(fā)票的使用中經(jīng)常出現(xiàn)項目填寫不齊、票物不符、出售人信息不全等問題，造成稅務(wù)機關(guān)難以核實，無法查驗。有的收購企業(yè)嫌逐筆給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者開票既麻煩又無必要，就等到收購后，選擇一些大戶匯總集中填開，還有的收購企業(yè)到外地進行收購時，不按規(guī)定到當(dāng)?shù)貒悪C關(guān)申請領(lǐng)用收購發(fā)票，而是回來以后根據(jù)收購數(shù)量、收購金額補開發(fā)票，發(fā)票上農(nóng)民的姓名和身份證號碼一般都是編造的或冒用本地農(nóng)戶的。現(xiàn)行農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票管理制度實行由農(nóng)產(chǎn)品收購企業(yè)自行領(lǐng)購、自行開具、自行申報抵扣的“三自”使用模式，收購企業(yè)完全掌握著發(fā)票領(lǐng)購數(shù)量、開具發(fā)票的主動權(quán)，“如何開,開多少”全由收購企業(yè)決定；稅務(wù)機關(guān)不能及時、真實掌握農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票的使用情況。農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票“三自”使用模式使稅務(wù)機關(guān)對農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票的管理顯得心有余而力不足。一方面，農(nóng)產(chǎn)品種類繁多，等級復(fù)雜，原料的包裝規(guī)格不統(tǒng)一，導(dǎo)致稅務(wù)機關(guān)在對賬庫進行實地核對時難度極大；另一方面，由于農(nóng)產(chǎn)品收購量大導(dǎo)致稅務(wù)機關(guān)對收購的真實性進行檢查時只能采取抽查的方式進行，客觀上給不法者以可乘之機。政策建議改變農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票“三自”使用模式，將收購發(fā)票使用環(huán)節(jié)前移。稅務(wù)管理必須面對農(nóng)產(chǎn)品收購環(huán)節(jié)存在大量“經(jīng)紀(jì)人”的現(xiàn)實，因勢利導(dǎo)出臺管理辦法，考慮取消生產(chǎn)企業(yè)利用收購發(fā)票抵扣的辦法，而由“經(jīng)紀(jì)人”向農(nóng)戶開具收購發(fā)票，一般納稅人一律用普通發(fā)票作為收購免稅農(nóng)產(chǎn)品扣稅憑證。這樣，一般納稅人在購進免稅農(nóng)產(chǎn)品時，自然要向出售者索要普通發(fā)票用于抵扣，那些小規(guī)模納稅人或“經(jīng)紀(jì)人”也就不得不到稅務(wù)機關(guān)辦理稅務(wù)登記，領(lǐng)取普通發(fā)票。這樣做的好處一是可以遏制生產(chǎn)企業(yè)虛開抵稅的行為，二是可以防止中間環(huán)節(jié)稅收流失，三是符合現(xiàn)實情況，方便農(nóng)民的零散銷售。借鑒增值稅專用發(fā)票管理的成功經(jīng)驗，依托現(xiàn)有“金稅工程”網(wǎng)絡(luò)資源，由開票人即前面所說的“經(jīng)紀(jì)人”及“村”將開票信息按月進行電子采集并申報主管稅務(wù)機關(guān)，農(nóng)產(chǎn)品收購單位也按月將取得的抵扣發(fā)票信息進行電子采集并申報主管稅務(wù)機關(guān)，主管稅務(wù)機關(guān)將接收到的相關(guān)數(shù)據(jù)信息經(jīng)市、省兩級逐級傳輸，最終到達國家稅務(wù)總局。相關(guān)數(shù)據(jù)信息在傳輸過程中根據(jù)發(fā)票開具地和申報抵扣地的地屬情況分別集中在市局、省局和總局三級實現(xiàn)交叉稽核比對，交叉稽核比對結(jié)果由總局、省局、市局逐級反饋到基層主管稅務(wù)機關(guān)，主管稅務(wù)機關(guān)對稽核比對異常情況組織檢查處理，以最大限度降低企業(yè)虛開發(fā)票的機會。