微信小程序與微信商城在操作方法上存在顯著差異。以微趨道基于微信認證服務號開發的商城為例，用戶需關注服務號，點擊自定義菜單，再進入對應頁面，這至少需要三步操作。若采用有贊這種訂閱號加外鏈商城的方式，則至少需要四步操作，即打開訂閱號折疊欄，打開對應訂閱號，點擊自定義菜單，進入對應頁面。由此可見，用戶打開商城的操作步驟較為繁瑣。而小程序則沒有任何層級，只需掃碼或點擊即可打開，實現一步到位，極大地簡化了用戶操作步驟，更利于商家推廣和留存客戶。從用戶體驗角度來看，傳統公眾號依賴HTML5技術，其穩定性和流暢性難以與原生APP相媲美。相比之下，小程序擁有接近原生APP的體驗，無需安裝、注冊或卸載，也不用為不同操作系統及手機型號的兼容性問題操心。小程序加載更快，體驗更流暢。在用途方面，微信團隊最初開發公眾號的初衷是打造一個內容創作和服務平臺，沒想到會被自媒體占據，更未料到會被商家過度營銷。微信官方在2016年對公眾號進行了多次升級規范，并開通微信實驗室增加“看一看”功能，試圖通過扶持內容創作者，使微信公眾號在自媒體領域進一步發展。自媒體人需通過內容獲取流量，然后變現。以前是通過公眾號商城實現，現在則需讓小程序承擔這部分職責。公眾號將回歸本質，成為自媒體平臺及商家服務承載平臺。在運營方式上，微信公眾號基于粉絲運營，通過原創文章或營銷活動吸引用戶關注，進而引導其在商城消費。因此，做了微信商城的商家需不斷吸引新粉絲，這并非難事，但問題是多數關注者最終成為僵尸粉或取消關注，導致運營成為商家的一大挑戰。而小程序則簡單粗暴，基于用戶使用和消費場景，如用戶需要購買商品時，小程序正好出現，交易即可達成，省去中間所有環節，無需運營者絞盡腦汁吸引關注。