實行綜合計算工時工作制，其工作時間不區分制度工作日與公休日。員工在綜合計算工時一個周期內只要總的實際工作時間沒有超過法定總的工作時間的，其在公休日工作，不需支付200%加班工資。

《勞動法》第四十四條第(二)款“休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的200%的工資待遇”規定，一般只適用于實行標準工時制員工。

實行綜合計算工時工作制員工實行計件工資制，其超過綜合計算周期內的總的法定工作時間的部分，要按計件單價工資的150%支付工資報酬。法定休假日安排職工工作的，按300%支付職工工資報酬。

對于實行綜合計算工時工作制員工，采取集中工作、集中休息、輪休調休等方式，以確保職工的身體健康和生產、工作任務完成。

對綜合計算工時制認識上的幾個誤區：

誤區之一：將公休日與制度工作日截然分開分別核算總的實際工作時間與加班時間。

實行綜合計算工時工作制，其工作時間不區分制度工作日與公休日?，F實當中，有的單位按照標準工時工作制進行考勤，其典型的錯誤做法是：遇公休日或記加班支付雙倍的加班工資，或記休息，造成工時工作制概念上的混亂，加大了工資成本支出。

誤區之二：逢公休日上班即支付200%加班費。

實行標準工時制在公休日加班的可首先考慮安排補休。實行綜合計算工時工作制的應連續計算考核總的實際工作時間，對于超過部分按延長工作時間處理。

誤區之三：支付加班費就合法。

實行綜合計算工時工作制在一個結算周期內，延長工作時間平均每月不得超過36小時。超過法定工時，即使“兩廂情愿”，發生爭議，也多對用人單位不利。