在已經告別員工的情況下是合法的，對于非法代扣的情況，可以按照以下程序處理：

1.到勞動行政部門舉報(通常是勞動管理監察大隊)。

2.也可以直接申請仲裁(仲裁費用200-300元，如果你勝了全部由公司負擔)。

3.如果對仲裁結果不滿意可以在拿到仲裁書后15天之內到法院起訴。

4.根據國家規定在仲裁或訴訟的時候，你可以要求除在規定的時間內全額支付勞動者工資報酬外，還需加發相當于工資報酬百分之二十五的經濟補償金。(具體法律根據見參考部分)。

一、法律依據

《違反和解除勞動合同的經濟補償辦法》第二條對勞動者的經濟補償金，由用人單位一次性發給。第三條用人單位克扣或者無故拖欠勞動者工資的，以及拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的，除在規定的時間內全額支付勞動者工資報酬外，還需加發相當于工資報酬百分之二十五的經濟補償金。

勞動部關于印發《工資支付暫行規定》的通知

第十八條各級勞動行政部門有權監察用人單位工資支付的情況。用人單位有下列侵害勞動者合法權益行為的，由勞動行政部門責令其支付勞動者工資和經濟補償，并可責令其支付賠償金：(一)克扣或者無故拖欠勞動者工資；(二)拒不支付勞動者延長工作時間工資的；(三)低于當地最低工資標準支付勞動者工資的。經濟補償和賠償金的標準，按國家有關規定執行。

第十九條勞動者與用人單位因工資支付發生勞動爭議的，當事人可依法向勞動爭議仲裁機關申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟。

《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋》第十五條用人單位有下列情形之一，迫使勞動者提出解除勞動合同的，用人單位應當支付勞動者的勞動報酬和經濟補償，并可支付賠償金：(一)以暴力、威脅或者非法限制人身自由的手段強迫勞動的；(二)未按照勞動合同約定支付勞動報酬或者提供勞動條件的；(三)克扣或者無故拖欠勞動者工資的；(四)拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的；(五)低于當地最低工資標準支付勞動者工資的。

《勞動法》第五十條規定，工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或無故拖欠勞動者的工資。第九十一條規定，用人單位克扣或者無故拖欠勞動者工資，侵害勞動者合法權益的，由勞動行政部門責令支付勞動者的工資報酬、經濟補償，并可以責令支付賠償金。