發酵工程的發展歷史可以追溯到古代，人類最早就開始了利用自然微生物發酵的過程，例如制作酒、面包、醋和酸奶等食品以及發酵燃料和藥物等。

到了20世紀初，發酵工業得到了快速發展，人們開始研究微生物的生物學和生理學特性，生產菌種、改進培養基和發酵設備等。隨著科技的進步和工業化的需要，發酵工程也不斷發展。下面是發酵工程的發展簡史：

20世紀初：利用發酵技術生產酵母、醋酸和酵母抽提物等工業品，開展在培養基、氣體混合和溫度控制等方面的研究。

20世紀20年代：采用攪拌、曝氣和發泡等技術改進發酵設備；發現酵母的酒精耐受性，提高了乙醇的產量；建立了系統的微生物鑒定方法等。

20世紀50年代：出現了大規模生產青霉素和鏈霉素等抗生素的新型發酵工藝，在酵母生產和醋工業中實現了自動化。

20世紀60年代：發明了離心分離、固態發酵、溶液篩選等新技術，推動了發酵工藝的發展和改進；建立了多生產菌株發酵的方法，提高了產品的多樣性和效益。

20世紀80年代：引入計算機控制技術，實現了實時監測和自動控制；出現了基因工程技術，使得發酵過程中菌株的改良、代謝途徑的優化等變得更為精確和高效。

21世紀以來：發酵工程已經成為一門綜合性的學科，涵蓋了微生物學、生化學、工程學、計算機技術等多個領域。隨著工業化生產的需求和科技的不斷進步，發酵工程將繼續不斷發展和創新。